外觀不同:蜈蚣呈扁平長條形,全體由22個環節組成,最后一節略細小。頭部兩節暗紅色,有觸角及毒鉤各1對;背部棕綠色或墨綠色,有光澤,并有縱棱2條。百足蟲體形呈圓筒形或長扁形,分成頭和軀干兩部分,頭上長有一對粗短的觸角;軀干由許多體節構成,多的可達幾百節。
特征不同:蜈蚣氣微腥,并有特殊刺鼻的臭氣,味辛而微咸。腳呈鉤狀,銳利,鉤端有毒腺口,一般稱為腭牙、牙爪或毒肢等,能排出毒汁。被蜈蚣咬傷后,其毒腺分泌出大量毒液,順腭牙的毒腺口注入被咬者皮下而致中毒,毒素不強,被蟄后會造成疼痛但不會致命。百腳蟲氣味辛、溫,有毒,有些無毒。
功效不同:蜈蚣可息風鎮痙、攻毒散結、通絡止痛、半身不遂、破傷風癥、風濕頑痹等。百腳蟲可破積解毒、腹中癥積、化瘜肉、扁桃體炎等。