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蛋白質的二級結構是指多肽鏈主鏈骨架盤繞折疊而形成的構象，借氫鍵維系。主要有以下幾種類型：
⑴α-螺旋：其結構特征為：
①主鏈骨架圍繞中心軸盤繞形成右手螺旋；
②螺旋每上升一圈是3.6個氨基酸殘基，螺距為0.54nm；
③相鄰螺旋圈之間形成許多氫鍵；
④側鏈基團位于螺旋的外側。
⑵β-折疊：其結構特征為：
①若干條肽鏈或肽段平行或反平行排列成片；
②所有肽鍵的C=O和N—H形成鏈間氫鍵；
③側鏈基團分別交替位于片層的上、下方。
⑶β-轉角：多肽鏈180°回折部分，通常由四個氨基酸殘基構成，借1、4殘基之間形成氫鍵維系。
⑷無規卷曲：主鏈骨架無規律盤繞的部分。
