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發豆芽的豆子，要選新豆子，陳年豆子發芽率低，有些陳年豆子甚至完全過了種子的生命期，不能再發芽。
購買豆子的時候，要挑選顆粒質量均勻的，那些皺皮、破皮、變質顆粒過多的，盡量不要選購，這樣的豆子發芽率低。挑選的豆子顆粒要盡量均勻偏小，這樣同等重量下，豆子的顆粒要多一些，發出來的豆芽也就更多。
市場上的豆芽，基本是黃豆芽、綠豆芽和黑豆芽為主，這主要是商家出于大眾需求、大眾口味、成本、產出、豆子來源等方面考慮，而家庭自己發豆芽，則可選擇的豆子品種多得多，在中國常規下有好幾十種豆子可以選擇。
