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1、當事人雙方離婚的時間不同。一般來講，民政局協議離婚優點是比較方便，只要雙方達成一致意見，提供有關證件和資料以及照片等即可隨時領取離婚證。而在法院達成調解協議則程序較繁瑣，需先立案后再調解，我國目前大部分地區人民法院已經把此類案件列為速裁庭，一周即可處理結案。如適用簡易程序案件，辦理所需時間相對較長。一般是十五天至三十天，時間最快的也有當天辦理的。
2、當事人雙方離婚的費用不同。一般情況民政局協議離婚經濟，一般是人民幣二十元，而人民法院調解離婚，無夫妻共同財產分割的，當然各個地區人民法院費用不一樣，一般是人民幣260元外加其他費用；涉及財產分割的，20萬元以下的不再收費用，超過部分，需按照財產標的收費。因此，如果夫妻共同財產有價值幾十萬元的房產，所繳的訴訟費也相對較高。
3、當事人雙方離婚的證件資料要求不同。民政局協議離婚只要雙方達成一致意見，寫一個離婚協議、提供結婚證、身份證、戶口簿和照片等，即可隨時領離婚證；人民法院則要起訴書、協議書、結婚證、身份證或者戶口簿即可。如果夫妻雙方有一樣資料或者證件不具備，民政局就不會給辦理離婚登記。退一步來講，只有到法院去離婚比較方便。
4、從夫妻雙方的自愿性來看，有所不同。民政局協議離婚所具備的離婚條件之一就是：夫妻雙方必須完全同意，沒有任何商量的余地。只要有任何一方不同意，則在民政局無法辦理離婚登記。人民法院審理離婚案件，不要求夫妻雙方必須同意。
