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圣殿前身“上古維序者”探尋第一文明遺跡，意外將男主兒子殺死，使主角夫妻走上復仇之路。
在追尋仇人的過程中發現這個組織極為龐大，并卷入了歷史上有名的一段歷史：埃及艷后克萊奧帕特拉與自己弟弟托勒密十三世爭奪法老之位導致的埃及內戰，以及羅馬勢力龐培與凱撒的介入。
主角夫妻一邊幫他們打工一邊刺殺自己的仇人們，因為凱撒決定加入上古維序者的陣營，最終在克萊奧帕特拉上臺后反被當作棄子踢開。而凱撒副手弗拉維烏斯追尋第一文明遺物造成的破壞最終使主角夫妻領悟大義，決定成立對抗上古維序者的組織，也就是刺客的前身“無形者”。
劇末男主留在埃及發展組織，女主前往羅馬發展組織并刺殺了凱撒。
