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1、沒有產權證和土地證：在同一個城市，相對來說小產權房的總價較低，通常在商品房的三分之一作用，因此許多人會較為青睞小產權房。雖然小產權房總價較低，可用于實際居住，但它是沒有產權證、土地證的，若是日后想出售房屋、抵押、貸款等，都是無法進行的。即使小產權房有鄉鎮發的證件，這個證件是不被法律認可的。
2、無法上市交易：由于這種房屋是沒有產權證的，因此這種房屋不可在市場上出售、轉讓，不能辦理過戶手續，更不能作為遺產繼承。另外這種房屋也是不能辦理落戶的，這對孩子就學、就醫等有一定影響。
3、拆遷賠償少：由于這類房屋沒有產權證，若是遇上房屋拆遷，那這類房屋的拆遷賠償就較少，業主只能得到少部分，或無法得到相應的補償。
