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1、成分不同。托帕石礦物學名叫做黃玉或黃晶，屬于硅酸鹽與硅酸鹽礦物，是在巖漿結晶過程的最后階段所散發出來的含氟蒸汽形成的。而水晶屬于石英族，主要成分是二氧化硅。水晶的形成條件很苛刻，含有二氧化硅的飽和液，經地殼運動遇到高溫高壓，使熱液中的二氧化硅融化，后又逐漸冷卻凝結，在一定的空間和時間內慢慢長成水晶。托帕石是黃玉，而水晶是石英，所以它們是兩種不同的礦物。
2、物理特性不。托帕石密度約為3.53g/cm3，摩氏硬度是8，雙折射率為0.008-0.010，色散0.014，多色性依體色不同而不同，一般情況下，托帕石晶體顏色比較一致。水晶密度約為2.66g/cm3，摩氏硬度是7，雙折射率0.009，色散0.013.無色水晶沒有多色性，有色水晶有弱到強的多色性，表現為晶體上顏色的深淺。水晶的顏色比較多，有無色、紫色、黃色、粉紅色、綠色、黑色等，其中無色、紫色、粉色比較多。
3、比重不同。托帕石的光澤會比水晶亮點，比重也比水晶重比水晶大，同樣的規格托帕石會比較重些。從硬度上看水晶的硬度比托帕石小，如果用水晶劃托帕石的話，水晶會有損傷。
4、產地不同。水晶主要出產地有中國的江蘇東海、巴西、烏拉圭、俄羅斯的烏拉爾山、印度、尼泊爾馬達加斯加、美國和墨西哥。托帕石主要產地為是巴西、斯里蘭卡和美國。新疆準格爾盆地周邊、吐魯番盆地周邊。
