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1、企業掛牌的門檻不同：精選層的門檻最高，創新層次之、基礎層最低。
2、投資者的交易門檻不同：三個層次都要求要兩年的股票交易經驗才可以開戶，但是新三板精選層、創新層和基礎層的資金門檻不同，分別為100萬元、150萬元、200萬元。
3、交易制度不同：精選層股票將實施連續競價交易制度，其漲跌幅為30%;基礎層、創新層股票繼續實施集合競價交易或做市商交易制度，集合競價最多跌50%最多漲100%。
4、雖然新三板的潛力大，但同時風險也很大，大多數散戶是不具備直接投資新三板的條件的。但是，隨著新三板改革的推進，市場也出現了可以投資新三板精選層的基金，我們可以通過新三板基金來投資新三板。
