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面對乾隆末年危機四伏的政局，嘉慶帝打出咸與維新的旗號，整飭內政，整肅綱紀。誅殺權臣和珅，罷黜、囚禁和珅親信死黨。詔求直言，廣開言路，祛邪扶正，褒獎起復乾隆朝以言獲罪的官員。詔罷貢獻，黜奢崇儉。要求地方官員對民隱民情纖悉無隱，據實陳報，力戒欺隱、粉飾、怠惰之風。但其對內政的有限整頓，未能從根本上扭轉清朝政局的頹敗。
國內階級矛盾尖銳，農民起義如火如荼。嘉慶帝即位后，傾盡全力，大舉圍剿鎮壓川、楚、陜農民大起義。更易統兵大員，嚴懲鎮壓不力的將吏。嚴密軍事部署，實行剿撫兼施的兩手政策，分化瓦解起義軍。實行寨堡團練的堅壁清野政策，割斷了起義軍與人民的聯系。嘉慶十年，川、楚、陜農民起義被鎮壓，清統治力量也受到嚴重削弱。嘉慶十五年，鎮壓了爆發于東南海疆的蔡牽起義軍。嘉慶十八年，北方爆發天理教起義，部分天理教徒，在太監接應下沖進皇宮，釀成漢唐、宋明未有之事。颙琰下詔罪已，同時嚴令對沖進皇宮的起義軍血腥屠戮，無一幸免，并捕殺在城外的頭目林清等。天理教起義被鎮壓。
